本书的撰写是想揭示历史上的一段“真实”的存在，推动中国疾病医疗社会史乃至中国社会史研究的深入开展，同时也希望和读者一起，针对现实，至少就以下一些问题提出自己的思考，以期对读者有所裨益。

绪论
第一章 中国近世疫情概况
第一节 关于疫情图表
第二节 疫情的时空分布
第三节 瘟疫的种类
第四节 疫情特点
小结
第二章 明末大疫与明王朝的灭亡
第一节 明末政局
第二节 疫情流行概况
第三节 瘟疫的种类
第四节 瘟疫发生和蔓延的原因
第五节 瘟疫的后果
第六节 官府与社会的瘟疫救治
小结
第三章 大灾与大疫
——乾隆二十一年（1756）的江南大疫
第一节 背景
第二节 疫情
第三节 影响与应对
第四节 大灾与大疫
小结
第四章 近世中国的新瘟疫
——以烂喉痧（猩红热）和白喉为中心
第一节 近世以来中国的新瘟疫
第二节 关于烂喉痧和白喉
第三节 烂喉痧和白喉出现年代考略
第四节 社会生态变动与新瘟疫
小结
第五章 丰年行大疫
——嘉道之际真霍乱的大流行及其影响
第一节 背景
第二节 嘉道之前中国之霍乱
第三节 疫情
第四节 嘉道之后霍乱在中国的肆虐
第五节 当明及此后社会各界对霍乱的应对
第六节 霍乱对医药卫生事业的触动
小结
第六章 战争与瘟疫
第一节 太平天国战争与苏浙皖大疫
第二节 19世纪中期回民起义与云南鼠疫
小结
第七章 中国冲突与细菌学说的进一步确立
第八章 国际化的现代防疫机制的初步形成
第九章 1932年全国性霍乱流行
第十章 近世瘟疫成因综论
第十一章 国家和社会疫病反应机制综论
结语：回顾与省思