约三千万年以前，在地球遭袭面临大异变之时，一位巨人挺身而出，拯救了人类超古代文明。巨人把自己战斗的躯体隐藏在“迪迦之地“后，化成光离开了地球。
到了2007年，就在地球人类向着永恒的和平不断前进时，一批来自太古的怪兽突然出现在世界各地，破坏安定的人类世界。地球防卫部队TPC精英部队胜利队的队员大古变身成迪迦奥特曼与接连不断出现的怪兽和邪恶宇宙人展开了激烈搏斗，并击退了邪恶的侵略者与破坏者，保护了地球。
第四十五集 生命永存

有一天，在地球上，曾经在太古地上开花的植物又出现了。这种植物的花粉有着可怕的幻觉作用。太古的人类成为了它的幻觉俘虏，由此而灭亡。难道又要难逃这一命运吗？大古作为一个普通人将挑战命运！

第四十六集 至急！镰仓

星野一直在拍电车周围的风景，发现了从海上有怪兽在接近。但是GUTS经过周密的调查，全然没有发现怪兽的踪影。大古RINA相信星野的直感，又一次奔赴了现场，就在这时……

第四十七集 告别黑暗

HORI在拍拖时发生的电力异常事故，是细胞被移植后的猴子所造成的。HORI为了解决这一问题，把研究所里所有的数据资料都清洗掉了。这时，他又和SAYAKA见面了，SAYAKA也是从悲剧中重新站立起来的。

第四十八集 月球来的逃亡者

TPC的月面基地全军覆灭了，唯一的生存者，证言犯人是HAYATE队长，曾经是他战友的IRUMA不能相信这一事实，IRUMA的提案也遭到总监们的拒绝，谁能想到这是外星人隐藏的阴谋呢……