忍者神龟13·地下来信（上）：多纳泰罗在研究一些神秘水晶的时候引来了一群地下生物，他们开始在神龟之家附近游荡。神龟们为了弄个明白，前往废弃的地铁隧道探寻，却遭到了那些地下怪物的攻击。在逃避的过程中，神龟们发现了一个大脚板忍者留下的秘密基因实验室，并从一盘录像带中了解了有关于那些地下怪物的秘密……
忍者神龟14·地下来信（中）：神龟们和挖掘机等三个地下怪物不打不相识，但是在相互了解以后，却又不得不面对另外一批怪物的攻击。为了找到新的水晶能量源，以启动能量盾抵抗攻击，神龟和挖掘机他们前往亡者之城——那个传说中有鬼魂游荡的神秘地方……
忍者神龟15·地下来信（下）：神龟和挖掘机他们在前往亡者之城的路上一个接一个地失踪了，最后只剩下米开朗基罗。原来是亡者之城中唯一的幸存者用一种光圈把怪物们收集起来，帮助他们恢复到人类的样子，然后要求他们留在这座城中传承种族。神龟们不愿意留下，于是矛盾产生了……